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NEXT GENERATION SEQUENCING, LA NUEVA TECNOLOGÍA DE SECUENCIACIÓN MASIVA Y SU APLICACIÓN CLÍNICA EN ONCOLOGÍA.

Los perfiles moleculares obtenidos tanto de DNA como de RNA tumoral pueden guiar el manejo clínico de los pacientes con cáncer, aportando información para el diagnóstico, pronóstico o para la identificación del tratamiento personalizado potencialmente idóneo en cada paciente, determinando su elegibilidad para la administración de:

- Una terapia dirigida aprobada para su tipo de tumor y perfil molecular.
- Una terapia dirigida disponible para su alteración molecular específica pero aprobada en otro tipo de tumor.
- Una terapia dirigida, disponible sólo en ensayos clínicos con fármacos en desarrollo, para su alteración molecular específica.

Por último, las alteraciones moleculares pueden ser de utilidad en la monitorización de la respuesta a determinados tratamientos dirigidos. En la actualidad, el estudio del perfil molecular de neoplasias como la de pulmón, colon, ovario, endometrio, vejiga, tiroides y melanoma, entre otras, requiere la caracterización de varios genes diferentes. Los estudios se realizan gen a gen, cada uno con una técnica específica, lo que hace imprescindible disponer de suficiente tejido tumoral de partida para realizar todos los estudios y supone una elevada inversión de tiempo en la realización, análisis e interpretación de cada uno de ellos. Con el fin de escapar de estas limitaciones, conseguir mejorar los tiempos de respuesta y evitar que la escasa disponibilidad de DNA y/o RNA impida el estudio completo de todos los genes implicados en cada neoplasia se han desarrollado las nuevas tecnologías de Next Generation Sequencing (NGS), conocidas también como técnicas de secuenciación masiva. La NGS permite el estudio de múltiples genes en un único ensayo partiendo de una concentración inicial de DNA o RNA extremadamente baja (10ng) y sus aplicaciones son diversas, permitiendo secuenciar desde el genoma completo del paciente a paneles de genes seleccionados como relevantes según la neoplasia en estudio.

PD-L1

La detección mediante immunohistoquímica del biomarcador PD-L1(Programmed cell death 1 ligand), cuya expresión se ha reportado en numerosos tumores de diferentes orígenes, permite la selección de pacientes susceptibles de responder a inmunoterapia mediante fármacos inhibidores de la via PD1/PD-L1, como pembrolizumab en NSCLC avanzado.

TRANSLOCACIONES DE LOS GENES ALK Y ROS1 EN CARCINOMA DE PULMÓN

Los genes ALK y ROS1 codifican receptores con actividad tirosina quinasa, que se encuentran reordenados en un 1-5% de los carcinomas de pulmón no microcíticos (NSCLC), especialmente de pacientes jóvenes, no fumadores y sin mutaciones en el gen EGFR. Se asocian con histología de adenocarcinoma, presencia de componente sólido y células en anillo de sello. La detección de una de estas translocaciones mediante hibridación in situ fluorescente (FISH), permite la selección de pacientes susceptibles de responder a tratamiento con crizotinib, un inhibidor de ALK, ROS1 y c-MET que induce la apoptosis e inhibe el crecimiento celular.

DETECCION DE MUTACIONES DE EGFR EN ADENOCARCINOMA DE PULMÓN CON TÉCNICA DE ALTA SENSIBILIDAD

Las mutaciones en el receptor del factor de crecimiento epidérmico (EGFR), presentes en aproximadamente el 15% de los adenocarcinomas de pulmón, correlacionan con una mayor respuesta a tratamiento con inhibidores tirosina kinasa (TKIs) y con aumento del intervalo libre de recidiva. Estas mutaciones son especialmente frecuentes en adenocarcinomas de patrón lepídico no mucinoso. La detección de estas mutaciones con técnicas de alta sensibilidad, como la PCR a tiempo real, tiene especial importancia en muestras con poco porcentaje de células tumorales, muy comunes en biopsias de casos de carcinoma de pulmón.

DETECCIÓN INMUNOHISTOQUÍMICA DE EGFR-del 19 y EGFR-mut 21

Detección mediante inmunohistoquímica de las principales mutaciones del gen EGFR, delección E746-A70 en el exón 19 y cambio puntual L858R en el exón 21, ambas relacionadas con una mayor sensibilidad al tratamiento con inhibidores de tirosina cinasa (TKI) como Gefinitib o Iresa, en pacientes con carcinoma de pulmón no microcítico. La detección con inmunohistoquímica de las proteínas resultantes de ambas mutaciones permite una primera aproximación a la selección de pacientes candidatos al tratamiento con TKI como técnica complementaria al estudio molecular.